MATLABのスタンドアローンアプリを作るのはMATLAB Compilerですかね。
R2019aの時点では、Simulink Coderを使ってCコード生成を経てEXEを生成することはできますが、生成できるのは処理内容のみで、SimulinkのモデルウィンドウやScopeの類は生成できませんので、TAAOさんが言われているスタンドアロンアプリとして使えるかどうかは不明です。
その生成したEXEをMATLAB Compilderで生成したMATLABスタンドアローンアプリからキックすれば、GUI含めたスタンドアローンアプリを作れそうですが。
