figureの座標軸内にあるデータのParentプロパティの値を任意の座標軸に置き換えることで、データを重ね合わせることができます。
scatter(rand(10,1),rand(10,1));
scatter(rand(10,1),rand(10,1),'MarkerEdgeColor','r');
haxes = findobj('type', 'axes');
set(haxes(2).Children, 'Parent', haxes(1));
また、figure(ウィンドウ画面)は透明にできません。
座標軸であれば、Colorプロパティの4要素目の値を0に設定すると透明になります。
scatter(rand(10,1),rand(10,1));
haxes.Color = [0.5,0.5,0.5,0];