MATLAB関数の多くは出力が無いとグラフィックス表示し、あると変数代入するようになっています。
CWT関数も出力引数を与えてやって、そのデータから所望の範囲を抽出すればよいと思います。
以下例です。
Fs = 44100;
t = 0:1/Fs:1;
x = chirp(t, 100, 1, 4000, 'quadratic');
[coefs,frq] = cwt(x, Fs);
figure,surface(t,frq,abs(coefs))
axis tight, shading flat
xlabel('Time (s)'), ylabel('Frequency (Hz)'), set(gca,'yscale','log')
indx_t = (t>0.5)&(t<0.7);
t2 = t(indx_t);
indx_f = (frq>1000)&(frq<2000);
frq2 = frq(indx_f);
coefs2 = coefs(indx_f, indx_t);
figure,surface(t2,frq2,abs(coefs2))
axis tight, shading flat
xlabel('Time (s)'), ylabel('Frequency (Hz)'), set(gca,'yscale','log')
配列から一部の要素を抽出する方法はドキュメントのこのあたりが参考になるのでは。